MS-06R-1A ザク II (本土防衛軍ア・バオア・クー基地防衛隊式樣) 為了解決MS-06R-1的推進器故障頻發的問題,在開發主任エリオット・レム中佐的強烈要求之下,MS-06R-1A採用了競爭對手ツィマッド社所開發的推進器;另外將R-1型的腳部後方燃料槽改為彈筒式,又對機體的背部及腳部進行了優化處理,使整備性大為提高,強化了機體的一線作戰能力。從6月開始,R-1A型共生產了56架,另有10架左右由R-1型改修而來,是R型中量產數目最多的。
作為「第二次主力MS開發計劃」主力MS來說,相較於競爭對手MS-09R リック・ドム, MS-06R-1A ザク II雖然沒有重型的裝甲,但是,高機動性和高敏捷性以及易維修的特點,更能府合王牌駕駛員的需求;
其出色的性能得到了很多王牌駕駛員的鍾愛,甚至有「MS-06R-1A型是王牌才有資格駕駛的機體」的說法。
大部分的MS-06R-1A都部署在ジオン本土、ソロモン要塞和ア・バオア・クー基地,負責擔任基地防衛隊的正規機種。